降低束流密度：通过扩大扫描区域或减小电子束的流强，可以减少单位面积上接收到的电子数量，从而减轻对样品的损伤。

使用低加速电压：较低的加速电压意味着电子的能量较低，它们对样品的穿透能力减弱，减少了对样品内部结构的损伤，更适合观察表面敏感或软物质样品。

优化样品制备：确保样品表面导电，通过镀金或其他导电材料处理，减少表面充电效应。适当的热处理可以减少样品内部应力，间接降低损伤。对于生物样品，冷冻干燥或液氮快速冷冻可以固定结构，减少电子束造成的结构变化。

控制扫描模式：选择合适的扫描策略，如顺序扫描而非随机扫描，避免同一区域的重复辐射，减少累积损伤。

使用保护层：在样品表面涂覆薄层导电或非反应性的材料，如金、碳膜等，可以作为屏障，减少电子束直接与样品的相互作用。

环境扫描电子显微镜（ESEM）：在较高压力下工作，可以利用环境中的气体分子中和电荷，减少表面充电，从而减轻损伤。

调节工作模式和参数：包括调整电子束的曝光时间、扫描速度等，以减少总辐射剂量。

利用特殊技术：如能量色散X射线光谱（EDS）和背散射电子衍射（EBSD）来辅助分析，这些技术不仅能提供信息，还能在一定程度上帮助识别和避免伪影，间接保护样品。

通过综合运用上述方法，可以在保证成像质量的同时，最大限度地减少电子束对样品的潜在损伤。